医用床单位消毒机可以双通道同时输出，同时消毒两张床位，也可只消毒一张床位、如遇特殊患有传染病患者的床单位用一次性消毒床罩进行消毒处置；

消毒结束（消毒过程35min左右）后进行登记。

床单位臭氧消毒机在线路均完好的情况下出现故障，立即上报后勤通知仪器维修人员，并报告护士长,做好记录，挂仪器故障标识。

但对潜于床垫、被褥、床单、枕芯深层的病菌杀灭作用很弱，如要对床单位的不同层次部位进行消毒，常需分次进行，所需时间较长，使得床单位的消毒难以真正实施；且紫外线对室内人员有一定的伤害作用，必须要在无人的条件下进行使用。床单位消毒机中产生的臭氧是一种弥散性气体,穿透力强,能杀灭细菌繁殖体及芽孢、病毒、真菌等,并能破坏肉毒杆菌毒素,因而能快速杀灭各种微生物。
床单位消毒机中的臭氧消毒机在使用中未闻见臭味或者累计消毒时间达到5000h（可消毒约8500个床单元），则需更换臭氧发生器或者重新申购床单位消毒机。

遗留在居室和各种物体上的存活的病原体，使疫点无害化。终末消毒进行得越及时、越彻底，防疫效果就越好。